Fernandes trafił do Manchesteru United 30 stycznia 2020 roku. Czerwone Diabły zapłaciły za byłego gracza Sportingu 47 milionów funtów. Kwota z perspektywy czasu okazała się wielką okazją na rynku transferowym.
Fernandes z miejsca stał się kluczowym piłkarzem w ekipie Manchesteru United. Przez sześć lat rozegrał 312 meczów w barwach Czerwonych Diabłów, zdobył 103 bramki i zanotował 97 asyst. Portugalczyk z klubem z Old Trafford sięgnął po Puchar Ligi i Puchar Anglii. Bruno w czterech sezonach był wybierany najlepszym piłkarzem Manchesteru United.
– Moja miłość do Manchesteru United zaczęła się, kiedy zacząłem oglądać Cristiano Ronaldo. Od tamtego czasu byłem wielkim fanem tego wspaniałego klubu. Możliwość gry w Manchesterze United to niesamowite uczucie. Ciężko pracowałem, aby się tutaj dostać. Mogę obiecać kibicom, że będę dawał z siebie wszystko dla tego herbu. Chcę pomóc drużynie w osiągnięciu sukcesów i zdobywaniu trofeów – stwierdził Bruno Fernandes, kiedy podpisywał swój kontrakt z Manchesterem United w styczniu 2020 roku.
Fernandes latem 2024 roku przedłużył swoją umowę z Czerwonymi Diabłami do czerwca 2027 roku. Kontrakt zawiera opcję przedłużenia o dodatkowy sezon.